Dalam rangka memberikan fasilitas dan pelayanan terbaik kepada seluruh peserta didik serta guru dan karyawan, maka sekolah menyediakan fasilitas kesehatan yang memadai supaya dapat mendukung kesehatan seluruh warga sekolah. Keberadaan UKS (Usaha Kesehatan Sekolah) menjadi hal yang penting karena merupakan tempat penanganan awal ketika ada peserta didik yang mengalami sakit saat disekolah. Mengingat hal tersebut maka UKS sekolah menyediakan berbagai obat-obatan yang lengkap dan memadai serta tempat tidur pasien yang sesuai standar. UKS di SMP Muhammadiyah 1 Sleman memilki dua ruang dengan masing-masing ruang dilengkapi dengan dua tempat tidur dan satu meja berukuran sedang. Obat yang disediakan di UKS pengadaannya sesuai rekomendasi dokter yang bertugas disekolah kami.  

Pelayanan yang diberikan kepada para peserta didik meliputi screening kesehatan, pemberian tablet penambah darah bagi siswa putri serta pengukuran berat dan tinggi badan. UKS SMP Muhammadiyah 1 Sleman setiap tahunnya melakukan screening kesehatan dengan bekerjasama dengan pihak Puskesmas Sleman. Setiap tahun akan ada beberapa petugas dari Puskesmas Sleman untuk melakukan screening kesehatan terhadap seluruh peserta didik.  

UKS memilki peran yang penting untuk mengajarkan kepada peserta didik tentang pentingnya menjaga kesehatan tubuh. Pada tubuh yang sehat maka akan membuat segala aktivitas berjalan sebagai mana mestinya.