Kamar mandi merupakan salah satu fasilitas yang sangat penting dilingkungan sekolah karena merupakan tempat untuk membersihkan diri setelah para siswa melakukan aktifitas olahraga atau kegiatan yang lainnya. Fasiltas kamar mandi di SMP Muhammadiyah 1 Sleman berjumlah 13 buah. Jumlah kamar mandi ini sebanding dengan jumlah total peserta didik yaitu 307 peserta didik. Setiap kamar mandi difasilitasi dengan gayung, tempat penampungan air. Kebersihan masing-masing kamar mandi menjadi tanggung jawab selurh peserta didik karena hal tersebut untuk melatih rasa tanggung jawab. Setiap satu minggu sekali yaitu pada hari jum’at semua peserta didik akan mebersihkan kamar mandi yang mereka gunakan.

Supaya tidak terasa licin maka untuk desain lantai kamar mandi kami menggunakan keramik yang berpola. Hal ini bertujuan untuk meminimalisir kejadian peserta didik yang terpeleset di kamar mandi. Ukuran kamar mandi cukup luas  yaitu panjang 1, 30 meter dan lebar 1 meter. Seluruh permukaan tembok bagian dalam kamar mandi dilapisi dengan keramik karena untuk memudahkan saat membersihkan kamar mandi. Kemudian setiap kamar mandi dilengkapai dengan fentilasi dan pencahayaan yang cukup supaya tidak terasa pengap. Setiap ruang kamar mandi diberi lapu dengan daya 15 watt.